Absolwent i długoletni pracownik naukowo-dydaktyczny Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku.
Jako nauczyciel czynnie uczestniczył w procesie kształcenia studentów medycyny oraz kształcenia podyplomowego lekarzy. Od roku 1990 kierował w Uczelni Kliniką Pediatrii, Gastroenterologii i Alergologii Dziecięcej. Umiejętności naukowe i badawcze pozyskiwał dzięki różnym stażom w jednostkach klinicznych polskich oraz zagranicznych, odbywając staże min. W prestiżowych ośrodkach uniwersyteckich Belgii i Francji.
Profesor Kaczmarski swoje zainteresowania naukowe i kliniczne, a dotyczące chorób wieku rozwojowego, koncentruje głównie na tematyce alergologicznej, gastroenterologicznej i żywieniowej. Jako pierwszy w Polsce zajął się problematyka rozpoznawania i leczenia stanów nadwrażliwości pokarmowej u dzieci i młodzieży. Kierowana przez Niego Klinika zyskała status i renomę jednostki referencyjnej w dziedzinie diagnostyki i leczenia alergii pokarmowej.
Jest autorem licznych publikacji naukowych z dziedziny pediatrii, alergologii gastroenterologii dziecięcej jak i również 3 monografii poświęconych alergii i nietolerancji pokarmowej oraz kilku rozdziałów w podręcznikach pediatrii dla studentów kierunków medycznych.
Profesor Kaczmarski jest też inicjatorem i pierwszym jednocześnie autorem publikacji pt. „Alergia i nietolerancja pokarmowa. Stanowisko polskiej grupy ekspertów” oraz Polskiego stanowiska w sprawie alergii pokarmowej u dzieci i młodzieży. Jest członkiem wielu rad naukowych i recenzentem polskich czasopism medycznych oraz członkiem Komitetu Rozwoju Człowieka Polskiej Akademii Nauk. Profesor jest też aktywnym członkiem polskich i zagranicznych towarzystw naukowych. Podczas swojej ponad 45-letniej działalności zawodowej został też wyróżniony wysokimi odznaczeniami państwowymi i nagrodami Ministra Zdrowia. I w końcu, Profesor Kaczmarski jest Kawalerem Orderu Uśmiechu, przyznawanego przez polskie dzieci.
Od września 2016 roku, prof. Kaczmarski aktywnie działa w Radzie Naukowej Polskiego Towarzystwa Chorób Atopowych (PTCA)